崇祯十六年正月，李自成部克襄阳、荆州、德安、承天等府，张献忠部陷蕲州，明将左良玉逃至安徽池州。崇祯十七年(1644年)，三月一日，大同失陷，北京危急，初四日，朱由检任吴三桂为平西伯，飞檄三桂入卫京师，起用吴襄提督京营。六日，李自成陷宣府，太监杜勋投降，十五日，大学士李建泰投降，李自成部开始包围北京，明王朝面临灭顶之灾。太监曹化淳说：“忠贤若在，时事必不至此。”明军在与农民起义军和清军的两线战斗中，屡战屡败，已完全丧失战斗力。
三月十七日，农民起义军围攻京城。十八日晚，朱由检与贴身太监王承恩登上煤山(也称万寿山，今北京景山)，远望着城外和彰义门一带的连天烽火，只是哀声长叹，徘徊无语。
崇祯在自尽临死之前，逼使皇后周氏自缢，对长女乐安公主朱徽娖怒喝一声：“为何生我家?”挥剑砍去，朱徽娖举手遮挡，被砍断右臂，昏倒在地;又杀死幼女昭仁公主。他还把太子、永王、定王叫来，让他们换上平民衣装，嘱咐道:“汝今日为太子，明日为平人，在乱离中匿形迹，藏姓名，见年老者呼之以翁，年少者呼之以伯叔。万一得全，报父母仇，无忘吾今日戒也。”说罢，派太监领去躲藏。
起义军攻克北京，李自成等进宫时，明太子朱慈烺“跪迎于门左,遂仆地。”李自成叫人把他扶起来。接着又搜获了永王朱慈炯、定王朱慈焕。兄弟三人身“穿民间破衣，帽上亦贴顺民二字。”李自成命人给他们换下破衣服，吩咐他们不必害怕，“今日即同我子，不失富贵。”随即将明太子和二王交刘宗敏营内看管。不久，李自成封明太子为宋王，定王为安定公，永王也改封公爵。这在当时只是一种策略性的举动，目的是招徕原为明王朝效劳的文武官员。
山海关一战李自成兵败，朱由检三子中太子的下落众说纷纭,无法取信。永王结局也不清楚。只有定王朱慈焕被大顺军将领带到河南，后来又逃往安徽、浙江等地长期隐姓埋名。
康熙四十七年时已经七十五岁了，在山东汶上县李朋来家充当塾师，被清政府捕获不久全家处死。这个案件清政府称之为“伪朱三太子案”。
其实，朱慈焕的口供说得非常清楚，他是朱由检的第四子(第三子为永王朱慈炯)，他的六个儿子仍按朱元璋《祖训)中规定的排行第二字以和字命名，其孙儿名曾裕，盖隐曾祖父(朱由检)临御天下之义。康熙皇帝审阅了全部案卷，明知确系崇祯的后裔，却故意说是假的，全部杀光。
玄烨南巡时，一再拜谒明孝陵，表示要寻求朱氏子孙奉祀。朱慈焕一生颠沛流离，并没有从事反清活动，却硬给安上一个“伪”字实行斩草除根，政治手腕真是到家了。
