曹操之所以杀孔融，是因为他和孔融的政见不合。本来他们都是汉献帝的臣子，都是为汉献帝做事。
孔融(153年-208年9月26日)，字文举。鲁国(今山东曲阜)人。 东汉末年文学家，“建安七子”之一，家学渊源，为孔子的二十世孙。孔融少有异才，勤奋好学，与平原陶丘洪、陈留边让并称。汉献帝即位后，任北军中侯、虎贲中郎将、北海相，时称孔北海。在任六年，修城邑，立学校，举贤才，表儒术，后兼领青州刺史。建安元年(196年)，袁谭攻北海，孔融与其激战数月，最终败逃山东。不久，被朝廷征为将作大匠，迁少府，又任太中大夫。性好宾客，喜抨议时政，言辞激烈，后因触怒曹操而被杀。
一开始孔融和曹操的关系，还是十分的要好的。那时候他没有看清楚曹操的真实面貌，还为曹操推举过人才。东汉末年的著名才子祢衡，就是孔融推荐给曹操的。尽管祢衡最终没有被曹操所用，还导致最后祢衡的惨死。但是，这足以说明，孔融还是很快看好曹操的。但是，随着曹操的势力越来越大。孔融发现曹操这个人，越来越飘了。他发掘曹操好像有点不把汉献帝放在眼里了，甚至见到汉献帝都不下跪了。你说这样的曹操，还有枉法吗，还有君臣之礼吗?孔融明白了，曹操一直都是再利用汉献帝，他是有野心的，他的野心就是称帝。
为了揭穿曹操的虚情假意，孔融开始四处活动，到处说曹操的坏话。那时候正好曹操要南征去打刘表呢。以当时孔融个人的影响力，想要把曹操给毁了。那还是很轻松的一件事的，曹操深知，打仗最忌讳的就是得民心。若是任由孔融这样糟蹋自己，给自己穿小鞋，那么，他曹操迟早会身败名裂的。到时候不利于自己出兵打仗。为了不至于，让孔融进一步“污蔑”自己，他选择了要杀人灭口。
但是，孔融毕竟不是一般人，他是天下的大名仕。若是曹操无缘无故，把孔融给杀掉，那必然会引起公愤。
所以，曹操找了一个很好的理由来杀孔融，他说孔融不孝，所以这种不孝的人，他杀了就是替天行道。
为什么曹操说孔融不孝呢?
原来孔融大嘴巴，说过一句这样的话，“父母生孩子，其实就是为了享受，孩子只是附加品。母亲生产的时候，好比从罐子里倒出来的一个东西一样。所以，孩子也没必要对父母感恩戴德。”曹操正是抓住了孔融说的这句话，把孔融给杀掉的。孔融是孔子的后代，本来是以仁义孝道而著称的，没想到孔子的后代出了这么一个人。曹操这样做就是想把孔融的名声搞臭，然后杀他就有名了。这就是曹操杀孔融的大致原因。
京兆人脂习，与孔融相好，曾劝诫孔融性格太过刚直。等到孔融被害时，许昌没有人敢为其收尸，脂习前往抚尸说：“文举丢下我死了，我也不再活了。”曹操听说大怒，准备收捕脂习杀害，后来逢赦免才被释放出来。
