所谓“焚书坑儒”，其实可以分为“焚书”、“坑儒”两个独立事件，两件事之间虽然有所关联，但却应该分开分析。“焚书坑儒”事件的根源，其实是秦灭六国之后的山东六国与秦国之间的文化冲突，以及六国士子阶层对中央集权制的不认同，秦始皇虽然也曾尝试促进文化融合，可惜最终以失败告终，为了维持统治，这才在李斯的建议下采取了激烈手段。
“焚书坑儒”的问题根源，在于天下一统后的剧烈冲突
秦始皇统一六国之后，面临的最大问题就是如何维持帝国的统治，而他当时面临的最大考验则来自于两个方面，一是因长期分裂导致的文化冲突，二是废除分封制，采取中央集权统治后士子阶层的不认同。
1、长期分裂导致的文化冲突。在历经春秋战国数百年的分裂，由于各诸侯国风土人情的不同，战国七雄早已形成了截然不同的风俗文化，例如“以法为教，以吏为师”的秦国法家文化、以儒家之礼为核心的齐鲁文化、粗犷豪迈的燕赵文化和浪漫奔放的楚文化，历经数百年的发展，这些文化不仅难以调和，而且拥有极为坚固的文化壁垒。在法家思想熏陶下的秦国虽然从不缺乏能征善战的将士，但却从来没有产生过影响力巨大的学者，而这也是山东六国将秦国视为虎狼之国的原因。
2、士子对中央集权制的排斥。秦始皇统一六国之后，采取了与之前截然不同的统治方式，废除分封制全面推行郡县制的秦国，乃是中国历史上第一个中央集权制的国家，而为了确保中央集权统治，秦始皇又创造了三公九卿制度。虽然郡县制最早并非诞生于秦国，但列国的郡县制却仍然带有着浓重的世卿世禄制色彩，而秦国这种从统治方式到官职的全面改革，显然给山东六国各阶层，尤其是士子阶层带来了极大的不适应，因而士子阶层对于秦国的统治可以说是极度排斥。
秦始皇也曾通过统一文字、度量衡、车轨等一定程度上促进社会各层面的统一，但这种改革反而遭至了士子阶层的更大反感，想要彻底将长期分裂的诸侯国彻底融合成为一个国家，根本不是短期内所能够办到的，甚至不是一代人所能够办到的。
秦始皇也曾尝试文化融合，可惜最终以失败告终
为了稳固统治，秦始皇也曾尝试过采取怀柔手段推动文化层面的融合，从而获得贵族、士族和百姓对秦国的认同，但这种尝试最终以失败告终，而这也是“焚书坑儒”事件出现的主要原因。
1、尝试接纳六国文化。对于剧烈的文化冲突，秦始皇一开始并没有采取抵触排斥的思想，不仅允许诸子百家和列国士子涌入咸阳，而且对不同文化采取了接纳包容的态度，例如黄老道家、阴阳家经过综合儒、法、道诸家的学说，提出了所谓的“五德始终说”，便得到了秦始皇的采纳;而秦始皇对咸阳的扩建规划中，也体现出了“法天象地”的道家思想;而秦始皇进行“泰山封禅”，则代表了对齐鲁文化的认可。更为直接的证据就是，秦始皇的长子扶苏明显受到了儒家思想的熏陶。
2、换取六国士子认可。为了使六国士子对秦国的统治予以支持，秦始皇选择了设立“博士”职位，以六国士子担任，且准许他们参与讨论国事，秦始皇试图通过这种方式，换取六国士子对秦国新政的理解和支持，进而由他们影响和引导天下百姓，从而在推动新政落实的同时，降低社会各阶层对秦国的排斥。
然而，事实证明，秦始皇的一切努力最终付诸东水，秦始皇接纳六国文化并未获得认可，例如秦始皇“泰山封禅”换来的只有山东儒生的嘲笑;又如担任“博士”的士子，他们不仅对于秦始皇极为怠慢，而且在参议国政时往往一言不发，却又在私底下对新政非议不止。
山东士子淳于越重提分封，李斯建议秦始皇“焚书”
秦始皇三十四年(前213年)，秦始皇在咸阳宫摆酒设宴，秦国朝堂七十余位大臣，以及山东六国担任“博士”的士子参与了这场宴会。
酒宴开始之后，仆射周青臣先是上前歌颂了一番秦始皇的丰功伟绩，秦始皇听后极为高兴。然而，秦始皇的好心情很快便被破坏了，担任“博士”的齐人淳于越紧接着上前，他不但没有祝贺，反而重新提出了分封制，对秦始皇的集权统治再次提出了挑战。
博士齐人淳于越进曰：“臣闻殷周之王千馀岁，封子弟功臣，自为枝辅。今陛下有海内，而子弟为匹夫，卒有田常、六卿之臣，无辅拂，何以相救哉?事不师古而能长久者，非所闻也。今青臣又面谀以重陛下之过，非忠臣。”(《史记·秦始皇本纪》)
秦始皇听后虽然不悦，但却没有立即进行斥责，而是将该言论交给臣子们讨论。作为秦始皇系列新政的直接参与者，丞相李斯立即上前予以了排斥，他认为天下之所以久久无法安定，就是因为这些士子私下对新政非议不断，进而提出了“焚书”倡议。
丞相李斯言道，“臣请史官非秦记皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏诗、书、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语诗书者弃市。以古非今者族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药卜筮种树之书。若欲有学法令，以吏为师”。(《史记·秦始皇本纪》)
维护秦国的稳固统治，可以说是秦始皇的最后底线，眼看自己一直的努力始终没有得到回报，再加上这次淳于越的挑衅，秦始皇对于李斯的“焚书”建议只说了一个字“可”。于是乎，秦始皇开始下令除了博士官收藏的书籍和“医药卜筮种树之书”外，将诗、书、诸子百家著作全部焚毁，并将对天下敢于私藏、学习和非议朝政者严厉惩处，这便是著名的“焚书”事件。
方士逃跑再度非议新政，秦始皇一怒之下“坑儒”
关于“坑儒”事件中的“儒”到底指什么，目前仍然有争议，但显然并不是特指儒家。“坑儒”事件发生在“焚书”事件一年后，其实可以视作“焚书”事件的后续。
秦始皇统治后期，或许是身体上出现了问题，对于长生之术极为推崇，因而身边经常围绕着一些方士，这些方士之中除了徐福出海寻找仙药之外，最受秦始皇重用的便是侯生、卢生两位。然而，就在秦始皇三十五年(前212年)的某一天，这两位术士却逃跑了。
根据《史记·秦始皇本纪》的记载，这两位术士逃跑的原因竟然是认为秦始皇过于残暴和贪恋权力，因此不想为其寻找仙药了(贪於权势至如此，未可为求仙药)。而真实的原因，则极可能是两人根本无法搞到所谓的仙丹，又害怕秦始皇治罪，这才选择了逃跑。
然而，这两位也不仅仅是逃跑，他们为了表示自己的大义凛然，逃跑之余竟然还说了一大堆非议秦始皇的话，秦始皇得知消息后，大怒道，“吾前收天下书不中用者尽去之……卢生等吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，以重吾不德也。诸生在咸阳者，吾使人廉问，或为訞言以乱黔首”。
于是乎，秦始皇一怒之下，“使御史悉案问诸生，诸生传相告引，乃自除犯禁者四百六十馀人，皆阬之咸阳，使天下知之，以惩後”。可见，咸阳的“儒生”被坑杀，最主要的原因便是在秦始皇刚刚下令禁止非议朝政一年后，竟然又有人公然跳出来挑衅法令，这才以雷厉手段处置。
“焚书”和“坑儒”两件事的发生，可以说是秦始皇在尝试以怀柔手段融合列国文化失败之后，所采取的无奈之举，是秦始皇为了各项政策顺利推行采取的必要之举，也是秦始皇为了稳固统治采取的必要手段。
