三令五申原是指古时军队纪律条令，在北宋曾公亮一等官员主编的《武经总要》里对“三令五申”有详细描述。“三令”是指：一令观敌之谋，视道路之便，知生死之地;二令听金鼓，视旌旗，以齐其耳目;三令举斧，以宣其刑赏。“五申”是指：一申赏罚以一其心;而申视分合，以一其途;三申画战阵旌旗;四申夜听火鼓;五申听令不恭，视之以斧。
成语典故讲的是孙武练兵的故事，故事是这样的：春秋时期，孙武从齐国来到了吴国，被好友伍子胥引荐给吴王阖闾，此时孙武已经写成《孙子兵法》十三篇，他把自己所著兵法，推荐给吴王，吴王看完后，感到兵法确实不错，但孙武又没有领兵作战经验，所以对他不信任，就对孙武说：“你所著兵法我已经看完了，确实很好，能否小小操练一下?”孙武答道：“可以”，吴王见孙武如此自信，就想刁难一下他，继续问道：“那么能否用女子练兵呢?”孙武自信答道：“可以”。
然后吴王就从公众挑选了一百八十为女子，交给孙武进行操练。孙武当然明白吴王的用意，想故意刁难他，但他依然信心十足。他先将一百八十名女子分为两队，并且以吴王深爱的两位宫姬为队长。然后在操练场上，孙武让她们每个人手执长戟，然后道：“你们知道胸心、左手、右手、后背吗?”宫女们第一次拿长戟听号命令，觉得非常好玩，就哈哈笑着说：“这肯定知道啊。”然后孙武就说：“前，就是向胸前面看;左，就是向左手那边看;右，就是向右手那边看;后，就是向后背那边看，你们都听清了吗?”宫女们大笑道：“听清了”。
孙武看到如此糟糕的纪律，也清楚这些宫女就没有上心，于是再把军事纪律“三令五申”详细说明，并搬出铁钺，以示警戒。
做完一切准备工作后，孙武就开始操练了，先是击鼓让军队朝右转，但宫女们哈哈大笑起来。孙武就严肃的说道：“军纪不明，军令不熟，这是将军没有教好。”接下来孙武又再次将“三令五申”详细讲解，然后再次击鼓让军队朝左转，而宫女们又开始哈哈大笑。孙武就说道：“军纪不明，军令不熟，是将军的错，但是刚才已经再次教导过你们了，还如此散漫，那么就是队长和士兵的错误了，一律当斩。”
遂就要将左右两个队长处斩。吴王一看到这，惊呆了，这两位可是自己最宠爱的宫姬啊，马上派人去劝阻孙武说：“寡人已经知道将军善于用兵了，寡人没有了这两位爱姬，实在是食不下咽，睡不安稳啊，请将军收下留情。”而孙武说：“微臣既然已经受命为将，将在外，君命有所不受。”然后就处死了两位宫姬，重新选任了左右队长，再次击鼓令之，这次所有宫女都非常乖巧的听号军令，不敢造次。
至此以后，吴王就令孙武为将，吴国军事力量逐渐加强，在面对强大的楚国时，军事上处处占据上方，并于公元前506年，以少胜多，攻陷楚国都城郢。
