元代科举始于元太宗窝阔台时期，窝阔台采纳谋臣耶律楚材“用儒术选士”的建议，于1238年举行了“戊戌选试”，共录取4030人，但不久后即中止。
元世祖忽必烈在位时，朝廷围绕科举兴废问题展开反复讨论，虽然王鹗等人主张恢复科举，许衡也制定了“选举之制”，但科举制度始终没有实行。
直至元仁宗延祐年间，才“斟酌旧制而行之”。1315年，元仁宗下诏恢复科举，1315年第一次开科取士，这时距离元朝建立已达半个世纪了。此后，元朝的科举考试每三年举行一次，分乡试(行省考试)、会试(礼部考试)、御试(殿试)三步进行。
元代把全国人民划分为四等人：一是蒙古人;二是色目人(包括西夏、回回等西北地区少数民族);三是汉人;四是南人(指长江以南的汉人和西南地区各少数民族)。
举行科举考试时，元代制定的政策带有明显的民族歧视色彩。不仅蒙古人、色目人与汉人、南人分开考，而且在乡试、会试时，蒙古人和色目人只考两场，而汉人和南人则须考三场。御试时虽然四种人都考试策问一道，但只要求蒙古人和色目人在五百字以上，而汉人和南人必须在千字以上。另外，在考试内容上也有分别，出给蒙古人、色目人的题目比较容易做，出给汉人、南人的题目比较难做。放榜时，蒙古人、色目人列为一榜，称“右榜”，汉人、南人另列一榜，称为“左榜”，两榜各分三甲。第一甲赐进士及第，品秩为从六品;第二甲赐进士出身，为正七品;第三甲同进士出身，为正八品。如果蒙古人、色目人愿意参加汉人、南人的考试，录取后的待遇可提高一等。
乡试科场全国共设17处。八月二十二日为第一场，二十三日为第二场，二十六日为第三场。第一场蒙古人、色目人试经问五条;汉人、南人试明经二问，经义一道。第二场蒙古人、色目人试策一道;汉人、南人试古赋、诏、诰、章、表内科一道。第三场汉人、南人试策一道。
会试于乡试次年二月举行，从赴试者中选合格者300人到大都会试。二月初一试第一场，初三试第二场，初五试第三场，第一场蒙古人、色目人试经问五条，于《大学》、《论语》、《孟子》、《中庸》内设问，以朱熹《四书集注》作答题标准;汉人、南人试明经二问，同样在《大学》、《论语》、《孟子》、《中庸》内出题，以《四书集注》为标准，并参以己意作答，要求三百字以上。另试经义一道，《诗经》以朱熹注为标准，《周易》以程颐、朱熹注为标准，《尚书》以蔡沈注为标准，要求五百字以上。第二场蒙古人、色目人试策一道，以时务出题，要求五百字以上;汉人、南人试古赋、诏、诰、章、表内科一道。第三场汉人、南人试策一道，在经史时务内出题，要求一千字以上。
从考试内容和答题要求可知，元代开始把程朱理学定为科举取士的标准，朱熹的《四书集注》成为科举考试的立论依据。从此，《四书集注》成为读书人的必读书。要想在科举考试中取得好成绩，不但要背诵《四书》正文，还要背诵一部分朱熹的注释。此后，经明代直到晚清，以程朱理学作为科举取士标准维持了将近600年。
元代科举规模和唐、宋两代难以相比，考试科目也少得多。宋代仅进士科每届都录取三四百人左右，而元朝后期50多年，录取进士才一千余人，只占同时期文职官员总数的4%左右。
